寶可夢傳說：阿爾宙斯遊戲中二周目相當於是遊戲的第二大階段，相當於一個遊戲的兩個不同的遊戲內容（一周目、二周目），在玩家通關一周目之後還可以進行二周目，在二周目中會有新的主線以及最終極的目標：收服阿爾宙斯等待玩家的完成。
