故事發生在三俠五義的北宋仁宗年間，主角名為諸葛羽，其父諸葛衛是一名含冤而逝的忠臣與大俠，諸葛羽在武藝初成之後，決定「剷除天下惡人惡事」
以剿滅前作中的反派「摩尼教」據點為引子，諸葛羽開始了他的盪寇之路，不過在天命奇御二中的最大反派並不是「摩尼教」，而是一個來歷非常神秘，同時有著巨大野心的神秘組織「抗天盟」
這個組織不僅首領是誰迷霧重重，還有著「喜怒無常的千面伶相、富可敵國的三拐銀車、殺人無形的無聲賢士和大隱於市的九命怪將」四大護法，這四大護法的真實身份同樣無人可知，唯一能了解到的就是這個組織手眼通天，以四大護法為首組織內高手如雲，且很多人隱藏在朝野之間，同時組織的形式詭異而縝密。
游戲中玩家將扮演俠探諸葛羽，體驗扣人心弦的主線與眾多引人入勝的支線任務，在江湖中歷練的同時還要破解一幢幢破朔迷離的前，與各路人馬互動推敲，揭開案件謎底，找出真正的幕後黑手。
